Για τους Πυθαγορείους, αυτή η άμεση και ακριβής σχέση μαθηματικών,
μουσικής και ευχάριστου ψυχικού συναισθήματος, αποτελούσε τη μέγιστη
απόδειξη ότι η αλήθεια, στο ύψιστο επίπεδό της, εκφράζεται με μαθηματικές
σχέσεις. Επίσης πίστευαν, ότι η ψυχή μέσα από τα μαθηματικά και τη μουσική,
μπορούσε να εξυψωθεί ώσπου να ενωθεί με το σύμπαν και ότι ορισμένα
μαθηματικά σύμβολα έχουν αποκρυφιστική σημασία. Στις αρχές της αρμονίας των
Πυθαγορείων βασίστηκε η ευρωπαϊκή μουσική μέχρι, τη στιγμή που ο Γιόχαν
Σεμπάστιαν Μπαχ, μέσω της σύνθεσής του (Καλοσυγκερασμένο Κλειδοκύμβαλο)
πρότεινε την υποδιαίρεση της οκτάβας σε δώδεκα ημιτόνια (κάτι που είχε προτείνει
δύο χιλιάδες χρόνια πριν από τον Μπαχ ο Αριστόξενος, όμως δεν εισακούστηκε).
Η μουσική κλίμακα του Πυθαγόρα κατασκευάζεται με βάση τις αναλογίες του
κύβου, και συμβολίζει τη γη και το συνδυασμό των στοιχείων της. Οι αναλογίες αυτές
αποδείχθηκαν και στην πράξη από τα πειράματα που έκανε ο Πυθαγόρας πάνω στο
μονόχορδο το οποίο διαίρεσε σε 12 ίσα τμήματα (όσες και οι ακμές του κύβου).